Les àrees de treball es van constituir per reforçar el treball de les vocalies de la Junta Directiva més interrelacionades i que coincideixen amb les tasques generals de la FCONGD. Les àrees s'han configurat de la següent manera:

- Comunicació i Publicacions
- Educació i Formació
- Relacions Institucionals i Moviments Socials

Les comissions de treball són espais oberts a totes les entitats federades, on un membre de la Junta Directiva ha de fer-hi d'enllaç. Les comissions han d'estar coordinades per una persona, que no ha de pertànyer obligatòriament a la de la Junta.

A la Federació hi ha actives les següüents comissions:

- Seguiment de Polítiques de Cooperació
- Gènere
- Seguiment del Codi Ètic
- Educació per al Desenvolupament